Développements logiciels in silico

SATELLiTES est un logiciel open source conçu pour faciliter l'exploration de l'espace chimique et contribuer à la découverte de nouveaux composés prometteurs, à partir d'une réaction chimique spécifique à deux réactifs ou à trois composants codée au format SMARTS et d'une liste de synthons compatibles disponibles dans le commerce ou prêts à l'emploi. SATELLiTES s'appuie sur les approches combinatoires hiérarchiques de la découverte de médicaments à base de synthons, qui permettent d'explorer rapidement des bibliothèques chimiques de très grande taille.

Vous pouvez utiliser SATELLiTES de deux manières différentes :

• En utilisant l'interface graphique, téléchargeable depuis le Python Package Index (https://pypi.org/project/SATELLiTES-SBDD/)
• En utilisant l'extension KNIME, téléchargeable depuis le gestionnaire d'extensions ou GitHub (https://github.com/cbedart/SATELLiTES)

Dans la mesure où l'étude structurale des mécanismes moléculaires nécessite de multiples simulations de dynamique moléculaire reflétant des états bioactifs contrastés, l'analyse ultérieure des réseaux d'interactions moléculaires reste un goulot d'étranglement qu'il convient de traiter de manière adéquate et qui nécessite une visualisation 3D conviviale des interactions clés.

Structural Interaction Network Analysis Protocols (SINAPs) est un outil Python propriétaire développé pour:

1. Résoudre rapidement les interactions clés permettant de distinguer deux états protéiques, soit à partir de deux séries de simulations de dynamique moléculaire, soit à partir de deux structures cristallographiques, et
2. Générer une vue 3D conviviale de ces interactions clés via un plugin d'UCSF Chimera, l'un des logiciels de visualisation open source les plus populaires pour les systèmes biomoléculaires. 

SINAPs est disponible gratuitement à l'adresse https://github.com/ParImmune/SINAPs